Pagamento salto Direzione dei Lavori da parte di un Comune

Salve a tutti, vi espongo il mio caso per un consiglio. A Gennaio 2011 ho terminato la direzione lavori di un restauro di una chiesa, presentando il conto finale e dopo aver verbalizzato l'ultimazione dei lavori con Rup e Impresa. Causa lentezza del Rup, la visita di collaudo si è svolta a maggio: lavori tutto ok, unico problema una riserva sulla quale il collaudatore doveva esprimere un parere. A settembre (9 mesi dopo, ben oltre i termini di legge) è stato finalmente emesso il certificato di collaudo, che l'impresa non vuole firmare perchè il collaudatore non gli ha riconosciuto totalmente la riserva. A lavori terminati e collaudati (lavori svolti a regola d'arte, la riserva è sull'onere di un ponteggio), con un contenzioso che probabilmente si svolgerà fra comune e impresa (noi la riserva l'avevamo parzialmente accettata ma il Rup ha non ha voluto riconoscerla e si è finiti in questa situazione), la Direzione Lavori (Noi) non ha ancora visto il salto spettante per il suo lavoro. La domanda è: per essere pagato devo aspettare che si risolvano le loro questioni o me ne frego ed emetto parcella, e se poi non mi pagani vado per vie legali?