pdc e/o pdc in sanatoria

Buongiorno,
mi trovo a dover presentare un progetto per un fabbricato (abbattimento e ricostruzione parziale di un balcone, una scala esterna in c.a.).
Nello stesso lotto però è presente anche un manufatto abusivo che urbanisticamente riesco a sanare.
La domanda è: un unico pdc o due pratiche distinte??
E poi: come faccio a documentare che tale manufatto esiste da molti anni?
Grazie mille