DOPPIA CONFORMITA' STRUTTURALE

Buonasera, con la presente sono a chiedere un vostro parere per una pratica che sto redigendo; sono in procinto di presentare una pratica edilizia in sanatoria (art. 36 del DPR 380/01) per un fabbricato residenziale; nel 1998 il fabbricato oggetto di sanatoria è stato oggetto di una sopraelevazione (in muratura portante), legittimamente autorizzata con regolare concessione edilizia e rispettiva comunicazione di inizio lavori ad attestarne il loro avvio; le lavorazioni sono state ultimate nel 1999 ma non è stata mai presentata fine lavori nè variazione catastale a certificarne tale ultimazione; la problematica che riscontro è che le lavorazioni realizzate sono in lieve difformità rispetto alla concessione edilizia rilasciata (parliamo di altezze di sottotetto diverse rispetto al progetto approvato) che dal punto di vista urbanistico non danno problemi ma lo creano dal punto di vista strutturale in quanto essendo l'edificio in muratura all'epoca della sua realizzazione non era obbligatorio fare il deposito delle strutture mentre adesso, essendo passati in zona sismica, l'intervento risulterebbe soggetto a deposito. Dovendo rispettare la doppia conformità (sia urbanistica che strutturale), avete consigli da darmi per evitare di effettuare un deposito strutturale in sanatoria (visto che parliamo di aver alzato il piano di imposta di cica 30 cm)?