Snatoria.. che tragedia

Salve a tutti dopo appena tre anni di esercizio mi ritengo ancora un completo neofita e tanto per cambiare mi si
presenta l'ennesima nuova rogna con pasticcio a seguito per amici, sottocosto... ecc.. (situazioni che penso
conosciate bene anche voi)... comunque, lamentele a parte, ho deciso di chiedere un consiglio sulle modalità per sanare una
serie di irregolarità commesse e dovute a vari fattori in un lavoro di ristrutturazione, o meglio demolizione e
ricostruzione.
Il lavoro, autorizzato tramite PS nel 2004 è stato eseguito in Liguria in zona sottoposta a vincolo ambientale DM
24.4.85 , iniziato nel 2004... prorogato.. con proroga appena scaduta..
In corso d'opera , ad esterno concluso, l'edificio è stato oggetto di compravendita e i nuovi acquirenti mi hanno
incaricato di seguire i lavori all'interno, con qualche modifica. Il vecchi tecnico non ha più minimamente seguito
la pratica e a causa di "problemi" non è attualmente disponibile, vista la situazione mi sono offerto di dare la fine
lavori io. All'atto del controllo della conformità rispetto al progetto iniziale sono venute fuori delle modifiche:
a) Il sedime del fabbricato che prima era trapezoidale è stato regolarizzato dandogli una forma rettangolare
b) E' stato portato l'ingresso della casa (previsto su di un lato corto) sul lato lungo (aggiungendo un apertura)
c) qualche minuscola variante interna è stata apportata (è stato ridimensionato un bagno dotandolo di antibagno)
Ora, vista l'impossibilità di presentare una dia in variante secondo i dettami della nuova LR 16 sull'attività
edilizia, mi trovo costretto ad osservare Che:
a) Sebbene la prima modifica sia di entità contenuta e non comporti aumento di superficie o volumetria (i 20 cm
aggiunti da un lato sono stati tolti dall'altro) è presente
b) che le aperture dato il regime di vincolo costituiscono un problema.
c) In Comune la cosa è nota a causa di numerose vicende.
Pensavo di agire dando la fine lavori e presentando successiva domanda tramite Permesso di costruire in sanatoria..
ma mi trovo innanzi ad alcune difficoltà:

1) Penso che a governare l'intervento debba essere l'art 47 comma 2 della LR(Regione Liguria) 16 del 2008, anche se
la definizione di difformità parziale non l'ho trovata, ma tale articolo fa riferimento per quantificare la sanzione
al costo di costruzione definito dalla legge 27 luglio del 1978 n° 392.. (che a me sembra parli di equcanone solo in
maniera del tutto occasionale citi il termine costo di costruzione)

2) La procedura sopraccitata fa riferimento alla difformità urbanistica, per quella ambientale?
Penso di avervi portato in un campo minato.... ma penso che i più navigati di me ne abbiano visto ben di peggio!!!
spero che possiate mandarmi rinforzi.... e consigli... Grazie!