difformità edilizia

Ciao a tutti, ho bisogno di un consiglio, la faccenda è complicata: Sto facendo una ristrutturazione di un'appartamento al secondo piano sottotetto, quando ero pronta per depositare la SCIA insieme al tecnico del comune ci siamo accorti che c'era una difformità ovvero una falda del tetto risulta essere più bassa di 50 cm rispetto ad un permesso di costruzione rilasciato nel 1955. A questo punto il tecnico mi ha impedito di presentare la pratica. Oltrettutto l'immobile si trova sotto vincolo paesaggistico. Ora la mia urgenza è iniziare i lavori poichè un solaio che fa da copertura al primo piano va consolidato con urgenza, il piano primo è stato puntellato con non pochi disagi per chi vi risiede, il deposito al genio civile è già stato presentato, ma io non posso iniziare i lavori perchè dovrei dichiarare la conformità, inoltre vorrei evitare di aspettare la risposta della commissione per il paesaggio perchè passerebbero dei mesi!!! Qualncuno sa consigliarmi come procedere??? Grazie mille