Modifiche a progetto approvato...abuso o discrezionalità del Direttore Lavori?

Salve a tutti!
Vi scrivo per chiedervi un parere su una faccenda.
Perizia CTU.

Concessione per la costruzione di una palazzina rilasciata nel 2008.

Nel 2011 l'edificio viene completato, ma vengono apportate modifiche interne (e una finestra viene murata), inoltre dagli elaborati presenti in Comune si nota come il prospetto sia differente rispetto allo stato di fatto: adesso c'è un dislivello, per cui non c'è un vero e proprio piano terra ma un piano rialzato a cui si accede da apposite scale.

Sempre nel 2011, vengono depositate in catasto le planimetrie aggiornate che tengono conto di tutte queste modifiche.

Nel 2012, il Direttore dei Lavori, mediante perizia giurata, al fine di richiedere l'abitabilità, dichiara che "l'immobile è conforme alla Concessione Edilizia, ad eccezione di piccole modifiche rientranti nella discrezionalità della Direzione dei Lavori", dunque non era necessaria autorizzazione.

1) Come mi devo comportare?
2) Si configura abuso?