altezza sotto controsoffitto

se è in un comune montano o in altro comune con deroga esplicitata sul regolamento, sì.
altrimenti no, l'altezza minima è 2,70 m derogabile a 2,40 solo per bagni, disimpegni, ripostigli

Quindi il controsoffitto, anche se posto solo in una parte dell'intero soffitto, va considerato per l'altezza interna?

Verissimo quello che dice ArchiFra, ma se si tratta del classico controsoffitto sagomato sopra la zona cottura, o sopra i pensili per inserire qualche faretto, si sono sempre fatti e non ho mai sentito che alterino l'agibilità dell'appartamento. Chiaro che non puoi portare 3/4 della stanza sotto i 2,70 m.