Stessa proprietá: SCIA Variante in corso d´opera + Permesso Costruire

Salve,
per un mio cliente sto presentando una SCIA per variante in corso d´opera su un vecchio PdC e poi separatamente voglio presentare un Permesso di Costruire per piscina, sistemazioni esterne, annesso, etc...tutte cose che non erano oggetto del vecchio PdC su cui faccio la variante in corso d´opera. Il tecnico comunale mi ha detto che non posso presentare il PdC fino a che non chiudo la variante o fermo i lavori e presento il PdC come una ulteriore variante ma ripensandoci credo lui abbia frainteso perché gli oggetti inclusi nel PdC che vorrei presentare non sono mai stati oggetto di pratiche edilizie ma sarebbe un PdC completamente nuovo. Non vedo quindi il problema. Corretto? Grazie a chi potrá darmi il suo parere.