Diniego paesaggistica. Se devo ripresentare il progetto è giusto farmi ripagare?

dipende dal rapporto che hai con il cliente e da cosa hai pattuito in sede di stipula di incarico.
Se comunque è un cliente consolidato puoi evitare direi

Se il progetto è da rifare/rivedere per cause che non dipendono da te, sarebbe corretto farsi nuovamente retribuire tanto la progettazione, quanto la redazione/presentazione della richiesta di autorizzazione paesaggistica (magari scontando qualcosa per quanto concerne la relazione, che quantomeno per ciò che attiene l'analisi del contesto è già impostata).
Ovviamente il condizionale è d'obbligo.
Non mi è chiaro cosa intendi con parere urbanistico positivo, ma "bocciatura" della commissione. Il progetto c'è arrivato in soprintendenza? Oppure la commissione di cui parli è quella comunale ed il progetto si è arenato lì?
Affermi che il diniego non è dipeso da te, ma solo tu puoi procedere con esame di coscienza e trovare l'effettiva risposta in tema di responsabilità. Hai proposto qualcosa che ti ha imposto la committenza senza possibilità di appello? Oppure il progetto è tuo e le scelte che ritenevi fossero congrue per integrarlo nel paesaggio non si sono rivelate tali? Potevi prevedere l'esito? C'erano scelte progettuali ardite ed avete/hai voluto provare la pressione a chi di dovere? Si potevano operare scelte diverse prrevenendo un esito negativo?
Sia chiaro che sto facendo l'avvocato del diavolo.
Sono consapevole delle manie di protagonismo, paure di creare un precedente troppo "innovativo" ed altri meccanismi mentali perversi che affliggono tanto le commissioni edilizie, quanto le soprintendenze.
Sono altrettanto consapevole che un professionista non ha obbligo di risultati, ma solo di mezzi, quindi, ripeto, in teoria, dovresti farti pagare di nuovo. Quanto farti pagare dipende da tutte le tematiche di cui sopra.

Per parere positivo intendo quello urbanistico, espresso dall'ufficio tecnico. Dopo questo parere la pratica è andata in commissione paesaggistica locale e lì è stato espresso parere negativo, quindi non è stata inviata in Soprintendenza. Partiamo dal fatto che avevo già emesso una parcella scontata (non dico di quanto perché sarebbe imbarazzante) e ho dovuto fare varie modifiche prima di presentare il progetto, sia per richiesta della committenza che per varie integrazioni chieste dal Comune. Diciamo che la situazione è un pó particolare in quanto questa pratica poteva evitare di essere bocciata categoricamente, ma al più chiedere un'integrazione in paesaggistica oppure chiamarci direttamente per far fare eventuali modifiche (i tecnici comunali hanno avuto varie colpe di cui non posso parlare qui). Quindi la bocciatura non è dipesa da una mia negligenza o altro, anzi, sono sempre stata disponibile in tutto senza chiedere mai un centesimo in più. Il problema è che dovendo ripresentare la pratica a parte la relazione tecnica, come giustamente hai detto che è già impostata, dovrei rifare i grafici e i rendering che sono la parte più complessa, oltre ad altre varie documentazioni. Considerando inoltre che avrò spese da affrontare, tra cui i viaggi per andare in Comune e confrontarmi con i tecnici (che è lontano dal paese in cui lavoro) e il costo del programma di rendering (che dura solo un mese e quindi lo acquisto ogni volta che faccio un nuovo progetto).