Risposta negativa della soprintendenza oltre i termini...

Buongiorno,
ho un dubbio per una situazione che non mi era mai capitata.

Ho presentato una richiesta di Aut. paesaggistica semplificata per un piccolo intervento si un immobile in piena campagna che trovo assurdo sia tutelato (ma è una mia opinione), la Commissione comunale ha dato l'assenso e, con un paio di giorni di ritardo rispetto ai suoi 30 ha inviato alla soprintendenza che, in netto ritardo sui 25 giorni che dovrebbe impiegare ha respinto la richiesta. Anche se hanno ricevuto la pratica con raccomandata a.r. un giorno... e "non si sa perchè" l'hanno protocollata 10 giorni dopo!
Quindi dalla data di protocollo sono nei termini (di poco) ma da quella di ricezione no.
Cosa comporta questa situazione? Si può ritenere illegittimo l'atto di diniego... o cosa?

Grazie per l'aiuto!