architettonico diverso da deposito genio civile

ho inoltrato un progetto architettonico nel 2012 che è stato regolarmente analizzato dalla commissione edilizia con parere favorevole; al momento del rilascio del titolo il dirigente mi propone di dividere in due fasi l'intervento ed ho ritirato due singoli permessi di costruire (2013) e (2016). a corredo del primo progetto 2012 ho depositato regolare denuncia al genio civile ed ho ottenuto l'attestato di deposito. Ovviamente ho anche convenuto con i tecnici comunali di non ridepositare il progetto separatamente al genio civile. A ragione del vero con il PdC 2016 siamo ritornati al progetto architettonico 2012 e quindi in linea con quanto depositato al genio civile. Al momento mi trovo con un ATP dinanzi il Tribunale perché mi viene contestata la difformità dei due depositi ed il relativo omologo al genio civile . Qualcuno mi saprebbe dare delle dritte. Grazie per la collaborazione.