edificio più basso rispetto al progetto autorizzato

ci sono capitato anch'io, domanda: il fabbricato è stato collaudato? Se risulta al genio civile con colludo non conforme allo stato di fatto per le altezze e un bel problema. Alla fine di comune accordo con il proprietario abbiamo lasciato perdere...

stiamo parlando di un edificio costruito ante 67 e poi modificato successivamente, non penso che a quei tempi fosse necessario il collaudo

Ricollegandomi alla domanda e risposte del precedente quesito, il "refuso" o errore che dir si voglia va dimostrato oggettivamente (con documenti probatori alla mano) diversamente è considerata difformità e ne va verificata la sanabilità in capo alle regole della doppia conformità (art. 36 e 37 DPR 380/2001).
Nel caso di specie però la giurisprudenza ha consolidato recentemente la propria posizione nel non considerare abusi le diminuzioni di volume: https://biblus.acca.it/realizzazione-di-un-volume-inferiore-al-proge…
Ad opinione dello scrivente pertanto potrà essere contestata "solo" la diversa sagoma e prospetti dell'edificio: la risposta potrà essere trovata solo in sede di colloquio con il funzionario responsabile.

grazie @archspf per la risposta completa e precisa. Nel caso specifico il tecnico negli anni 70 ha impostato il progetto in modo arbitrario e poco preciso, i solai ad esempio nel progetto risultano più alti di quelli esistenti, i muri perimetrali più spessi. Nel complesso la sagoma in pianta risulta essere 20 cm circa più alta (sottraendo il 2% di tolleranza). Anche gli angoli dell'edificio in pianta sono disegnati a 90° ma nella realtà sono diversi... purtroppo. Spero di riuscire a risolvere in comune

si risolve con accertamento di conformità, non ci sono altri modi...

non avevo visto lò' epoca...giusto.