Difformità interne, CILA o SCIA?

Buongiorno cari colleghi, ho un dilemma e non so che pesci prendere.
Una cliente mi ha chiesto di verificare lo stato legittimo dell'immobile, è un appartamento di 50 metri quadri, al piano terra di un edificio condominiale, con un soppalco. Prendendo in mano la scheda catastale ho notato subito, purtroppo, che il disegno non riporta 3 gradini che dividono l'appartamento su due livelli e abbassano una porzione di appartamento. Ho già fatto le verifiche del caso, accesso agli atti sia catastali che comunali (era presente un condono e speravo avessero fatto qualcosa, ma non era questo il caso) e non è risultato nulla. L'unica planimetria presente agli atti è quella catastale del 1995, in cui non sono presenti questi 3 gradini. La mia domanda ora è come posso risolvere questo problema, è una variazione interna quindi dovrei presentare una semplice CILA in sanatoria? Però vado a modificare la volumetria dell'appartamento, inoltre toccando la struttura dell'appartamento (che è evidente che non è mai stata modificata, ma si tratta di un semplice errore di disegno), quindi dovrei presentare una SCIA in sanatoria? Il problema è che sotto ci sono le cantine, che non sono state accatastate, quindi non trovo da nessuna parte la prova che la soletta non sia mai stata toccata. Non so proprio come muovermi...